Ném todo trojan é virus.
É um programa remoto, que abre uma porta no seu computador pra outra pessoa.
Alguns anti-virus reconhecem alguns trojans ( talvez a maioria ).
Pra eliminar, na unha, teria que saber qual trojan é.
Existem alguns programas feitos pra remover trojans e worms.
O A-squaredpor exemplo, mais a maioria deles são pagos.
A Symantec tem uma coleção gratuita de executaveis pra remover algumas dessas "praguinhas" específicas.
http://www.symantec.com/avcenter/tools.list.html
Se estiver na lista, baixa e roda.
Se soubér qual trojan é, coloca que fica mais facil de ajudar.